系統通過對證券公司所屬各分支機搆和業務部門的日常證券交易的股份清算，實現證券公司總部級股份二級託管的業務要求。系統處理的業務包括：證券交易、非交易股份清算和權益分派、內部轉託管、股份對帳、股份認領等。系統能夠支援處理多業務品種和多種清分方式。
業務功能：
處理的業務品種包括：深/滬A股、B股（境內/境外）、各種基金、國債及其它債券、國債回購、創業板證券、託管的國家股、法人股和未流通內部職工股、特別轉讓股份、特別轉讓股份登記、開放式基金、創業板等。
支援多種清分方式如：按獨立席位號、按合同序號、按股份餘額庫、按股東資訊庫、按委託庫等。
交易清算：對成交回報庫的每條記錄進行處理，對成功的交易修改相應的股東帳戶股份餘額，對失敗的交易轉入失敗交易庫。生成下級營業部的成交回報檔供其下載。
非交易清算：處理來自掛牌公司或投資者的所有託管、轉託管、轉讓、凍結、解凍、特殊調帳、賣空等資料，修改相應的股東帳戶股份餘額。生成下級營業部的非交易結算檔供其下載。
權益分派：實現代理股份公司進行分紅派息。根據股份公司的委託，按照其分紅比例及各營業部的股東持有的股份總數，將紅利分發到每一營業部。各營業部再將紅利進一步分發到符合分紅條件的股東帳戶。這裏的權益包括送股、轉贈股份、現金紅利等。
內部轉託管：對內部轉託管業務進行處理，提供對轉託管業務的分類匯總統計。
股份對帳：具備股份對帳功能，從結算公司接收股份結算對帳庫，將股份清算後的股東股份明細庫與股份對帳庫核對，找出有出入的記錄。可生成下級營業部的股份對帳檔供其下載。
股份調帳。
股份認領：對共用席位下不能清分到營業部的資料認領和取消認領。
綜合查詢和統計分析：提供多種的查詢條件匯總查詢，可按機構級、證券品種、股代級、股票代碼、時間區段、數量限定、合計方式等設定條件進行匯總。